北华大学综合档案室是在1999年由原吉林师范学院、吉林医学院、吉林林学院、吉林电气化高等专科学校档案室合并成立的。它是学校档案工作的职能管理部门，也是永久保存和提供利用档案的科学文化事业机构。综合档案室为直接归校办领导的科级单位。
    综合档案室现有档案干部5人，其中大学本科学历4人，专科学历1人，高级技术职务2人，中级技术职务3人。办公用房及库房使用面积330平方米，配有计算机、打印机、复印机、传真机、照相机等设备。
    北华大学综合档案室现保存原吉林师范学院、吉林医学院、吉林林学院、吉林电气化高等专科学校1949年到1999年四个全宗档案，北华大学全宗档案从1999年9月启用。目前室存各类档案39000卷，包括党群、行政、 教学、科研、基建、设备、出版、外事、财会、声像、实物十一个类别，档案排列总长度400延长米。
    室藏档案主要内容包括：上级领导来院参观，视察和重要外事活动的照片；教育部关于恢复和增设一批普通高等学校的通知，教育部关于同意吉林师范学院等四所高等学校合并组建为北华大学的通知，关于建立硕士点的批文；历届党政工作计划、总结、报告、会议纪录；机构设置、干部任免；教学计划、专业设置、课程建设、教材、学位、招生、学籍、分配等材料；科研管理及科研项目等材料；基建项目审批、设计、施工、验收材料；重要仪器设备材料；主要出版材料；重要外事活动材料；财会管理文件及报表、账簿、凭证、工资清册；声像材料；实物材料等。
    学校在档案管理和基础业务建设上实施了《普通高等学校档案管理办法》、《高等学校档案实体分类法》、《高等学校档案工作规范》要求。制定了《北华大学档案管理办法》等12项相关制度。
    学校成立了以主管副校长为组长，校办副主任、档案室主任为副组长，学校各主要部门负责同志为成员的档案工作领导小组。学校建立健全了档案管理网络，全校49个处级单位，共有49名中层干部，62名兼职档案员负责本部门的立卷归档工作。
    自1999年合校以来，综合档案室接待各种查询、借阅档案5000 人次，提供档案16000卷次，实行高效、优质服务，为北华大学树立了良好的窗口形象。完成了档案的文件汇编以及档案信息的二、三次加工工作,发表论文16篇。
    2002年11月，学校档案工作通过省级主管部门验收，晋升为省一级档案管理单位。